L’Ecluse Mardyck est stratégique pour la régulation des eaux accumulées dans la partie terrestre. Des pompes permettent d’en effectuer l’évacuation.. Mais l’autre particularité de l’Ecluse Mardyck est de remplacer l’eau salée stockée dans l’écluse par de l’eau douce, de sorte que l’eau salée ne parvienne pas dans le canal, dont l’eau peut servir aux cultures. Ce cycle prend 15 minutes à l’écluse, au lieu de 5 ordinairement. Le processus est conduit automatiquement, mais en cas de besoin, l’opérateur de conduite d’ouvrage (OCO) devra être en mesure d’effectuer lui-même chaque opération, en « mode dégradé ».